C'est à la rentrée scolaire de septembre 1967 que s'est opérée la fusion entre les deux CES préexistants. L'arrêté ministériel de création date du 12 août 1968.
Pendant deux ans la gestion financière du collège incomba au « SIVMAA » (Syndicat Intercommunal à Vocation Multiple de l'Agglomération agenaise). Puis la nationalisation intervient à compter de la rentrée scolaire 1969, par décret du 15 janvier 1970. La nationalisation est une mesure de gestion financière, mais n'influa pas sur le régime pédagogique.
De très réelles difficultés, tant matérielles que pédagogiques et psychologiques rendent pénible la première année d'existence. Cependant au cours des années qui suivent, ces difficultés se sont estompées. L'effectif démentiel des deux premières années (sur compte jusqu'à 1198 élèves !!) fut la cause principale de ces difficultés ; car les bâtiments ne sont pas faits pour un tel nombre. Cet effectif s'est stabilisé autour de 750 à 800 élèves, qui convient à tous les points de vue. Le personnel tend à se maintenir sur place, ce qui permet une plus grande cohésion et une meilleure atmosphère de travail.
LES BÂTIMENTS
Personne n'a encore entrepris une étude sur les bâtiments où est logé le Collège, et c'est dommage. Nous emprunterons un grand nombre de renseignements au très remarquable ouvrage de MM SOULAGE, LUXEMBOURG et JEAHTIN sur « Les rues d'Agen racontent leur histoire ».
Les bâtiments dits de « JASMIN »
Ils semblent dater de l'année 1800. Construite à l'emplacement d'une chapelle, une auberge y est devenue un hôtel. Cet "Hôtel de France" tenu par un sieur Gauthier était célèbre par sa très bonne cuisine, notamment par ses ortolans. Il faut acheté par la Mairie pour y installer, en 1887, l'école publique, qui devient par la suite : cours complémentaire, puis CEG, et enfin le collège actuel.
Les bâtiments dit « DES ILES »
Furent tout d'abord ceux d'une auberge très réputée. L'Auberge du « Petit saint Jean » était connue dès le dix-huitième siècle ; c'est dire combien nos salles, les couloirs, les escaliers sont anciens et emplis d'histoire. Parmi les célébrités qui passèrent dans cette maison, on nous cite « la Reine Hortense en 1807, le Compte de Lacépède, célèbre agenais, le Duc d'Aumale, le compositeur Franz LISZT, qui donna deux concerts à AGEN.
Cette auberge fit place à une pension religieuse « Sainte Marthe » dont le nom n'est pas encore (en 1975) complètement effacé du linteau de la porte du N° 47 avenue du Général de Gaulle. Les sœurs de Sainte Marthe possédaient aussi un vaste jardin derrière les bâtiments. Sur ce jardin furent construits vers 1930 le bâtiment dit « Sainte Marthe », ainsi que le bâtiment dit « 400 ». Le bâtiment Ste Marthe fut à l'origine une chapelle construite une entresol, qui sert aujourd'hui de salle d'Éducation Physique.
Une autre part du jardin fut, bien plus tard, achetée par la Ville d'Agen, pour y construire la Piscine Municipale des Iles, qui jouxte le collège.
C'est en 1958-59 que cet ensemble fut acheté par la Mairie pour y installer le Collège d'Enseignement Général des Iles, dont la réputation excellente était solidement établie, en particulier dans les campagnes où se recrutait la majorité des jeunes filles qui le fréquentait.
L'ensemble des bâtiments parait certes, pour les non-initiés un peu « labyrinthique » ; mais avec un peu d'habitude et d'esprit de curiosité, on circule sans peine à travers couloirs et escaliers.
Chaque année apporte des améliorations, et tant ceux qui exercent depuis le début, que ceux qui reviennent nous voient de temps à autre, s'aperçoivent de ces heureux changements.
1990 : Construction du bâtiment scientifique et technologique.
1996 : Construction du plateau sportif à l'emplacement de l'ancienne piscine municipale.
1998-1999 : Rénovation du collège : des bâtimes dit de « Jasmin » et des bâtiments dits « Des Iles » appelés aussi « Sainte Marthe ».