Né à Roquecourbe (Tarn), Émile Combes se destine à la prêtrise et suit des études de théologie qui l’amènent à écrire une thèse consacrée à saint Thomas d’Aquin (1860). Mais, ayant perdu la foi, il entreprend des études de médecine. Il exerce à partir de 1868 à Pons, dans la Charente-Maritime. Là, il s’engage en politique : après avoir conquis la mairie, il est élu sénateur en 1885. Devenu un des leaders du radicalisme, il participe à la fondation du groupe de la « gauche démocratique » au Sénat, dont il devient vice-président en 1894. C’est alors que Léon Bourgeois l’appelle dans son cabinet, à l’Instruction publique (1895-1896).

Dès cette époque, le gouvernement met en avant l’idée d’une séparation de l’Église et de l’État. Cet anticléricalisme est relativement paradoxal pour Émile Combes qui est issu de la religion. Il n’en devient pas moins le chantre lorsqu’il succède à Waldeck-Rousseau à la présidence du Conseil (mai 1902). C’est avec intransigeance qu’il applique les lois de 1901 et 1904 sur le droit des associations et la liberté d’enseignement des congrégations religieuses : plus de 2 500 établissements d’enseignement privés sont alors fermés.

Symbole de la politique anticléricale et prologue à la séparation de l’Église et de l’État, l’expression « combisme » s’impose. Pourtant, Émile Combes, souvent tenu comme l’unique responsable de la crise sociale, politique et religieuse en germe, ne fait que traduire en actes le militantisme du « Bloc des gauches » (radicaux et socialistes). Et son action ne se résume pas à cette seule dimension : il épure l’administration, la magistrature et l’armée afin d’asseoir durablement l’encadrement républicain et laïque de l’État.

Le 19 janvier 1905, après la révélation du scandale des fiches, Émile Combes doit démissionner et entre alors en semi-retraite : président du Parti radical en 1911-1912, ministre d’État dans le cabinet Briand d’Union nationale de 1915, et sénateur jusqu’en 1921.

Même si le président du Conseil tombe avant la promulgation de la loi sur la Séparation de décembre 1905, il n’en reste pas moins que son cabinet a marqué l’entrée dans la crise Église-État, ne serait-ce qu’avec la rupture des relations diplomatiques avec le Vatican en 1904.